Según George Gamow, el apodo le fue puesto debido a su peculiar voz, jovial y estridente, que resonaba por los corredores del Cavendish Laboratory y ponía en alerta a los estudiantes y jóvenes investigadores que, ante la proximidad de tan respetada autoridad científica, recobraban la concentración en el trabajo, tal vez transitoriamente perdida por una charla entre colegas o por alguna entretenida lectura ("proporcionándoles tiempo para esconder las novelas de detectives y poner orden en el laboratorio", dice Gamow). Y es que la retumbante voz de Rutherford recordaba al cocodrilo de "Peter Pan", que se había tragado un reloj, de manera que el ruidoso tic-tac que salía del temible reptil de grandes mandíbulas advertía de su presencia, permitiendo escapar a la posible víctima. No obstante, Rutherford no era temido, sino respetado por todos.
De esta anécdota del apodo de Ernest Rutherford quedó constancia física en forma de bajorrelieve, pues Eric Gill grabó la figura de un cocodrilo en el muro exterior de ladrillo del Mond Laboratory de Cambridge (inaugurado en 1933). Dicho laboratorio fue construido por la Royal Society para que Piotr Kapitza pudiera realizar sus investigaciones trabajando con campos magnéticos intensos. El científico ruso Kapitza quiso homenajear a Rutherford encargando al artista Eric Gill un bajorrelieve de un cocodrilo en el exterior del edificio del Mond Laboratory.
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Cuenta también Gamow que la unidad Mev (un millón de electronvoltios), empleada como unidad de energía en física nuclear, era conocida por los estudiantes del Cavendish Laboratory como "un cocodrilo". Así si decimos que el promedio de la energía total liberada en cada fisión nuclear es de 200 MeV, bien podríamos decir, en recuerdo del gran Ernest Rutherford, que se liberan 200 "cocodrilos".